НИП осъществява нормативно възложените му правомощия, като се ръководи от Управителен съвет, в който влизат петима представители на Висшия съдебен съвет и двама представители на Министерството на правосъдието.
Председателят на Върховния касационен съд, председателят на Върховния административен съд, главният прокурор и министърът на правосъдието, са членове по право на Управителния съвет от квотата на Висшия съдебен съвет, а останалите представители се избират с решение на пленума на ВСС по предложение на съответната колегия, по един от съдийската и един от прокурорската колегия.
Председателят на Върховния касационен съд е председател на Управителния съвет.
В състава на Управителния съвет на НИП влизат:

Галина Захарова
Председател на Върховния касационен съд
Председател на Управителния съвет

Георги Чолаков
и.ф. Председател на Върховния административен съд

Борислав Боби Сарафов
и.ф. Главен прокурор на Република България

Георги Георгиев
Министър на правосъдието и пазител на държавния печат

Таня Райковска
Съдия в Конституционния съд на Република България (2015-2024)

Севдалин Мавров
Член на Съдийската колегия на Висшия съдебен съвет

Евгени Иванов
Член на Прокурорската колегия на Висшия съдебен съвет
Правомощия
Съгласно чл. 11 от Правилника за организацията на дейността на НИП и на неговата администрация Управителният съвет:
- избира и освобождава директора и заместник-директорите;
- приема учебните програми за задължителното първоначално обучение на кандидатите за младши съдии, младши прокурори и младши следователи, за задължителната квалификация при първоначално назначаване в органите на съдебна власт и при повишаване в длъжност;
- одобрява проекта на бюджет на Националния институт на правосъдието и го представя пред Висшия съдебен съвет;
- приема вътрешните правила, предвидени в правилника по чл. 263 от Закона за съдебната власт;
- одобрява състава на Програмния съвет на Националния институт на правосъдието;
- прави предложение пред Висшия съдебен съвет за определяне числеността на служителите;
- приема тригодишен план за дейността си;
- приема годишен план за дейността на Националния институт на правосъдието;
- организира, ръководи и контролира участието на Националния институт на правосъдието в Европейската мрежа за съдебно обучение;
- определя броя и одобрява постоянните преподаватели и ги оценява за периода, през който са командировани в Националния институт на правосъдието;
- одобрява временните преподаватели;
- приема решения по други въпроси съгласно правилника или вътрешните правила;
- извършва други дейности, необходими за ефективното функциониране на Националния институт на правосъдието.